Tất cả các cơ thể đa bào bao gồm thực vật, động vật không có xương sống, động vật có xương sống đều có những cơ chế đề kháng để tự bảo vệ cơ thể chúng chống lại nhiễm vi sinh vật.
Do các cơ chế đề kháng này luôn luôn tồn tại, truyền từ đời này sang đời sau theo di truyền, xuất hiện tự nhiên trong quá trình tiến hoá và từ khi mới sinh ra đã luôn ở trong trạng thái sẵn sàng nhận diện và loại bỏ các vi sinh vật nên chúng được gọi là miễn dịch tự nhiên (natural/native immunity hay innate immunity).
Các thành phần của miễn dịch tự nhiên tạo thành hệ thống miễn dịch tự nhiên. Đặc điểm chung của các cơ chế miễn dịch tự nhiên là chúng nhận diện và đáp ứng lại các vi sinh vật mà không phản ứng chống lại các chất không phải của vi sinh vật. Miễn dịch tự nhiên cũng có thể được châm ngòi bởi các tế bào của cơ thể bị tổn thương do tác động của các vi sinh vật.
Miễn dịch tự nhiên có tác dụng ngay khi vi sinh vật xâm nhập vào các mô của cơ thể còn miễn dịch thích ứng thì cần phải có sự kích thích của vi sinh vật sau đó hệ thống miễn dịch phản ứng lại sự có mặt của vi sinh vật thì miễn dịch thích ứng mới có tác dụng. Ngoài ra các đáp ứng miễn dịch thích ứng có thể chống lại các kháng nguyên của vi sinh vật cũng như kháng nguyên không phải của vi sinh vật